Az Egyházfórum folyóiratot Paul M. Zulehner katolikus pap és bécsi pasztorálteológia professzor, valamint Wildmann János Svájcban elő világi teológus alapították 1986-ban. A lap két fő célja volt a II. Vatikáni Zsinat teológiai gondolatainak közvetítése a magyar olvasók számára és egy fórum biztosítása a reálszocializmus évtizedei alatt elnyomott magyarországi egyházak, elsősorban a katolikus egyház számára. 1990-ig a folyóiratot Svájcból csempészték Magyarországra.
Az Egyházfórum Kiadó olyan külföldi műveket jelentett meg magyarul, amelyek a II. Vatikáni Zsinat szellemiségét képviselték. A kiadó gondozásában többek között Karl Rahner, Gerhard Lohfink, Alois Müller, Herwig Büchele, Paul M. Zulehner, Rudolf Schnackenburg, Wolfhart Pannenberg könyvei jelentek meg. Emellett néhány magyar szerző műveit is kiadták, például a piarista Bulányi György könyveit, aki a kommunista hatóságok által különösen üldözött Bokor bázisközösségi mozgalom alapítója volt, valamint Kis György, zsidó származású katolikus pap munkáit, aki az antiszemitizmusról írt a magyar katolikus egyházban.
1990 után, a rendszerváltást követően a kiadó és a folyóirat Magyarországra tette át székhelyét. Az Egyházfórum kiadványai és rendezvényei országos médiavisszhangot kaptak, így a folyóirat széles körben ismertté vált. Konzervatív egyházi körök bizalmatlanok voltak az Egyházfórummal szemben, mások viszont üdvözölték annak teológiai irányvonalát. A kuratóriumban egyaránt helyet kaptak püspökök, papok és világi hívek.
Az elmúlt évtizedben a folyóirat ökumenikus irányultsága egyre erősödött. A kuratóriumban és a szerkesztőségben is különböző keresztény felekezetekhez tartozó emberek vesznek részt.
A folyóirat jelenlegi célja továbbra is a II. Vatikáni zsinat és a protestáns egyházak megújult szellemiségének, valamint a korszerű vallásosságnak a közvetítése és művelése, különös tekintettel az Isten népe tagjainak felelős apostolkodására. Súlypont rovatunk egy-egy témát jár körül különböző oldalról. Egyéb rovataink nem rendszeresen jelennek meg és kisebb terjedelműek. Az Egyházfórummal lehetőséget kívánunk nyújtani a tisztességes párbeszédre a magyarországi egyházakban fellelhető kezdeményezésekről (a plébániák, báziscsoportok, bibliakörök stb. szintjén, valamint az aktuális pasztorációs kérdések megtárgyalására), az egyházak kihívásairól, továbbá aktuális egyházi vagy társadalmi kérdésekről.
A folyóirat főszerkesztői:
1986-1991: Wildmann János,
1992-1998: Máté-Tóth András
1999-2013:: Wildmann János
2014-2022: Pongrácz Mária
2023-2024: Laborczi Dóra
2025- (kiválasztás alatt)
Wildmann János 2011-ben alapította a Fidentia pro Ecclesia (bízó bátorság az egyházért) plakettet. Az elismerés olyan személyeknek adható, akik elkötelezetten dolgoznak egy magyarországi keresztény egyház megújulásáért és hitelességének helyreállításáért – akár politikai vagy egyházi ellenállással szemben, sőt, jelentős személyes hátrányokat is vállalva. Az elmúlt években a plakettet különböző felekezetű keresztények vehették át.
Az Egyházfórum előfizetői díjakból, kiadványai eladásából és adományokból tartja fenn magát, állami támogatásban nem részesül.